Core Facilities di riferimento

Analitica biochimica-biofisica; tecnologie omiche e computazionali

Analisi Genetica, Genomica e Bioinformatica

Scopo

Il nostro gruppo si occupa di attività computazionali in diversi ambiti della ricerca biomedica, sia in termini di analisi di dati che di sviluppo software. Il nostro interesse è focalizzato principalmente su acidi nucleici e proteine e siamo coinvolti in diversi progetti di genomica, proteomica, predizione della funzione genica, microbiologia, virologia e filogenesi.

Ambiti/Linee di ricerca e attività

Il campo di ricerca è in bioinformatica ed in particolare:

• Analisi di dati NGS (genomica, trascrittomica, metagenomica, evoluzione virale)
• Analisi delle strutture non canoniche del DNA
• Studi epidemiologici per il monitoraggio della circolazione di patogeni batterici e virali.
• Progettazione e gestione di banche dati per progetti genomici high-throughput
• Analisi di dati di spettrometria di massa
• Predizione di funzione delle proteine ed ontologia
• Molecular modelling (fold recognition e comparative modelling)
• Studi su famiglie di proteine, in particolare le glutatione perossidasi, analisi di dati RNAseq.

Collaborazioni

• Dr. Paolo Fontana, Edmund Mach Foundation (FEM), San Michele All'Adige
• Prof. Antonino Polimeno e Prof.ssa. Laura Orian Dipartimento di Scienze Chimiche, Università di Padova
• Prof.ssa. Barbara Di Camillo, Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione,  Università di Padova
• Prof.ssa Claudia Sissi, Dipartimento di Scienze del Farmaco Università di Padova
• Prof. Riccardo Manganelli, Dipartimento di Medicina Molecolare Università di Padova
• Prof. Giorgio Cozza, Dipartimento di Medicina Molecolare Università di Padova
• Prof.ssa Antonella Roveri, Dipartimento di Medicina Molecolare Università di Padova
• Prof.ssa Valentina Bosello Travain, Dipartimento di Medicina Molecolare Università di Padova
• Prof.ssa Luisa Barzon, Dipartimento di Medicina Molecolare Università di Padova
• Prof.ssa Sara Richter, Dipartimento di Medicina Molecolare Università di Padova
• Prof. Andrea Crisanti, Dipartimento di Medicina Molecolare Università di Padova
• Dott. Giovanni Tonon, IRCCS  Istituto Scientifico San Raffaele, Milano
• Dott.ssa Daniela Cirillo, IRCCS Istituto Scientifico San Raffaele, Milano
• Prof. Paolo Provero, Dipartimento di Neuroscienze, Università di Torino
• Prof. Luigi Bertolotti, Dipartimento di Scienze Veterinarie, Università di Torino
• Prof.ssa Nicole Soranzo, Scuola di medicina, Università di Cambridge, UK
• Adaptive Biotechnologies Corp., Seattle, WA
• Polo GGB, Siena, Italia

Sede

Sede di Chimica Biologica
viale G. Colombo 3, 35131 Padova, Italy
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Responsabile

Prof. Stefano Toppo
Prof. Enrico Lavezzo

 

Staff/Persone

• Dott.ssa Martina Bado
• Dott. Federico Bianca
• Dott. Marco Grazioli
• Dott. Emilio Ispano
• Dott.ssa Laura Manuto
• Dott.ssa Giorgia Mazzotti
• Dott.ssa Margherita Sartori
• Dott.ssa Giorgia Vianello